光绪七年三月初十日，即1881年4月8日，慈安太后暴毙。慈安太后死得太突然，正值盛年，才45岁。因此，各种关于慈安之死的流言层出不穷，有说被人谋害的，也有说是吞金自杀，更有说是正常患病死亡。
流言中，慈禧太后被认为是谋害慈安太后的凶手。这个说法来自《清朝野史大观》，“慈安后觉腹中微饥，慈禧后令侍者奉饼饵一盒进‧‧‧‧‧‧后一二日，果有饼饵数盒进奉，色味花式，悉如前。慈安后即取一二枚食之，顿觉不适，然亦无大苦。至戌刻，遽逝矣。”
意思就是说，慈安太后是吃了慈禧太后赠送的毒饼去世的。很遗憾，这是野史，正史中并无记载。事实上，慈安和慈禧两宫太后之间的关系异相对较融洽，没有什么尖锐的矛盾。与慈禧太后相比，慈安太后在政治上可谓是一个白痴，“东宫见大臣，呐呐如无语者。每有奏牍，必西宫为诵而讲之，或竟月不决一事。”
反观慈禧太后，对政治痴迷，而且颇有天赋。在“垂帘听政”上，慈安太后德高望重，慈禧太后则才干智谋突出，两者可谓相得益彰。在没有权威的史料前，认为慈禧太后谋害慈安太后是不现实的。
学者研究表明，慈安太后很可能是突发疾病而亡的，关键证据是翁同龢的日记。翁同龢是光绪的老师，兼任礼部尚书，他全程负责了办理了慈安太后的葬礼。在翁同龢日记中，我们看到了这样的记载：
“午刻一按无药，云神志不清、牙紧。未刻两方虽可灌，究不妥云云，则已有遗尿情形，痰壅气闭如旧。酉刻，一方云六脉将脱，药不能下。戌刻仙逝。”进一步梳理慈安太后的患病过程，早在同治二年就显露出来，当时的病情表现是“有类肝厥，不能言语”。
之所以说慈安太后很可能是病死，还有一个佐证。慈安太后在钟粹宫死后，王公大臣们前来吊唁，慈禧太后命人揭掉盖在慈安太后脸上的面幂，让大家瞻仰遗容。试想如果慈安太后是中毒而死，一定会在面部表现出来，可见慈禧太后心中无鬼。
另外，慈禧太后对慈安太后的葬礼也非常重视，比如最重要的谥号也完全遵从大臣们的意见，“孝贞慈安裕庆和教仪天佑圣显皇后”。但是，不管怎么说，原本两宫太后的垂帘听政，变成了慈禧太后一人独揽大权，她成为晚清实至名归的统治者。
