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自来水中含有多种矿物质，这些矿物质会增加对加湿器的蒸发器所造成的损害，含有的水碱也会影响其寿命。自来水中的氯原子和维生素也有可能会随水雾进入空气中造成污染。另外，如果自来水的硬度比较高，加湿器中喷出的水雾可能会有钙镁离子，并且产生白色的粉末，这样会污染室内的空气。
加湿器更好是用纯净水，纯净水的水分子相对来说比较简单，喷洒出去，不是很容易产生污染，并且可以直接接触肌肤，使用的过程中也会更加安全放心。
市面上出售的一部分加湿器会配有紫外线的除菌技术，可以杀死一部分细菌物质，因此，不用担心出现细菌感染的问题。
一些人喜欢在加湿器中加入精油，除了提高空气湿度之外，还可以让肌肤更加保湿。
加湿器虽然一定的加湿效果，不过这种小电器，在长期没有使用的情况下，会产生大量的落尘，影响使用效果，所以更好在使用之前清理一下。
