1、弹道不同：巡航导弹和弹道导弹最根本的区别在于弹道。巡航导弹在中低空飞行一定高度，飞行结束后，情况变为低空飞行，而弹道导弹则运行抛物线弹道，如弹道峰值已超过大气层进入外层空间的洲际导弹。先进弹道导弹虽然具有空间变轨和末端修正技术，但总体上仍是抛物线型。
2、形态差异：弹道导弹是抛物线。抛物线顶端的高度决定了导弹的射程，所以导弹的燃料必须足够。因此弹道导弹一般长度在10米以上，直径在0.8米以上，大部分是推进剂罐。巡航导弹的大小约为6-8米，直径小于0.6米。历史上最高的巡航导弹应该是德国的V-1，是世界上第一枚巡航导弹，技术条件相对落后。
3、制导模式不同：弹道导弹和巡航导弹的制导方式除了惯性测量单元外，几乎没有共同点。弹道导弹除了依靠星光制导系统进行修正外，还依靠自身的内部陀螺仪和加速度计以及由计算机组成的惯性制导系统。早期的巡航导弹使用地形匹配制导（TERCOM）。在这种制导模式下，导引头装有测高雷达。发射前，技术人员将为巡航导弹绑定一条路径，巡航导弹只需遵循这条路径。
注意事项
在导弹设计过程中，只有经过弹道分析掌握导弹运动规律，才能正确的选择结构参数、选择飞行弹道和进行弹道计算、评定导弹的基本性能参数、并为导弹飞行试验提供需要的理论弹道参数数据。
在导弹实际完成后的飞行试验过程中，只有应用弹道理论分析实验数据，研究弹道参数变化规律，才能正确的评定飞行实验结果，确定各分系统的性能指标的优劣，为导弹定型提供可靠地依据。
以上内容参考百度百科-弹道导弹
以上内容参考百度百科-巡航导弹
